Обычно терминальный сервер запускает explorer сразу после того, как пользователь входит на терминальный сервер. Таким образом пользователь получает привычный рабочий стол Windows. Если вам нужно, чтобы вместо рабочего стола запускалась какая-то одна программа, можно воспользоваться параметром shell. Таким образом неплохо эмулируется режим Seamless Windows из Citrix Metaframe. Стоит отметить, что параметр shell не запрещает излишне опытному пользователю нажать Ctrl-Shift-Esc, запустить "Диспетчер задач Windows" и из него запустить любую другую программу. Запрет на запуск ненужных приложений формируется иным способом с использованием политик Windows или стороннего программного обеспечения. Пример использования shell, запуск консоли командной строки:
shell = c:\windows\system32\cmd.exe
Еще один пример, запуск Microsoft Word и открытие документа (в конфигурационном файле это должно быть записано одной строкой):
shell = C:\Program Files\Microsoft Office\Office10\winword.exe "c:\temp\document 1.doc"
На Windows 2008 server и новее программу надо внести в список RemoteApp Manager (remoteprograms.msc). В политиках можно разрешить запускать произвольную програму: запустите gpedit.msc, Computer Configuration, Administrative Templates, Windows Components, Remote Desktop Services, Remote Desktop Session Host, Connections, Allow remote start of unlisted programs.